Вплоть до начала средневекового периода образование было в основном доступно аристократам и буддийским монахам. Тем не менее, с подъемом военного класса в начале периода Камакура образование также распространилось и в среде богатых самураев. Самураи начали учить своих детей практическим вопросам военной жизни, а также таким вещам, как достойные отношения между господином и слугой и правила по наследованию собственности. С появлением и распространением буддизма в средневековый период образование начало распространяться среди простого населения.

Тем не менее, на протяжение средневекового периода большинство населения было неграмотным. Феодалы, которые не умели читать и писать, часто обращались за помощью к буддийским монахам, когда, например, им нужно было подготовить официальные документы по какому-либо вопросу.

В средневековый период существовало одно знаменитое образовательное учреждение. Школа Асикага (Асикага Гакко) была основана в 1439 г. Уэсуги Норидзанэ (1410—1466), высокопоставленным самураем, который пожертвовал туда книги и назначил буддистского священника управляющим. Хотя семейство Асикага содержало школу уже не первый век, только в XV столетии она официально стала школой с учебной программой, сосредоточенной на изучении конфуцианской философии и военной стратегии. К 1550 г. школа насчитывала 3000 учеников со всей Японии. Школа Асикага также привлекла внимание католического проповедника Франсиско Ксавьера, который в 1549 г. выразил свое восхищение качеством ее образования. Школа пришла в упадок в период Эдо.

В средневековый период существовали и другие образовательные учреждения, однако они были не столь распространенными и систематическими. Например, в XVI в. христианские миссионеры открыли общеобразовательные школы. Примерно в тот же самый период при храмах стали открывать школы-тэракоя, которые посещали дети самураев и состоятельных крестьян. Наконец, представители самых знатных воинских родов основывали библиотеки, где были собраны китайские и японские тексты, ставшие научными центрами. Одной из самых замечательных была Библиотека Канадзава (Канадзава Бунко), основанная в 1275 г. Ходзё Санэтоки и отражавшая его интерес к науке и образованию. Помимо членов самой семьи собрание библиотеки было доступно ученым и священнослужителям.