Хотя неоконфуцианство, особенно школа Чжу Си, являлось интеллектуальной основой для сёгуната Токугава, период Эдо был временем энергичных философских спекуляций и споров. Среди наиболее важных философских школ были следующие.

Школа Сюси (Сюсигаку) была основана на идеях влиятельного китайского конфуцианского философа Чжу Си (по японски Сюси, 1130—1200). Согласно учению Чжу Си, действительность состоит из принципа и жизненной силы. Именно в результате взаимодействия этих двух сил и рождаются все вещи в мире, включая людей. Для Чжу Си люди имеют как первоначальную природу, которая состоит только из принципа и хороша сама по себе, и природы вторичной, которая является следствием человеческих отношений в мире и через которую накапливаются различные виды жизненной хорошей силы (добрые и злые).

Таким образом, человек может уйти от первоначально хорошей природы. Поскольку люди взаимодействуют с окружающей средой по-разному, каждый человек обладает различными видами жизненной силы, что и объясняет уникальность личности каждого человека. Школа Чжу Си сосредоточивала свое внимание на очищении жизненной силы посредством самосовершенствования, образования, изучения принципа и самоанализа.

Хотя труды Чжу Си появились в Японии еще в период Камакура, в то время они не оказали существенного влияния на современников. В период Муромати учение Чжу Си изучалось монахами дзэн. Однако общепризнанным Сюсигаку стало только при сёгунате Токугава, предоставляя собой известное руководство в вопросах этики и правления. Это философское учение узаконило строгую иерархическую социальную систему, отстаиваемую сёгунатом, обеспечив рациональный порядок в обществе, которым правительство могло управлять. К 1790 г. официально разрешенной являлась только неоконфуцианская школа Сюси, а все прочие философские школы находились под запретом.

В период Эдо сёгунат стал видеть в принципе закон по управлению обществом, а не только философское понятие, абстрактно иллюстрирующее природу предельного блага. Если бы правители следовали принципу, т. е. если бы они правили, имея своей целью только предельное благо, то подданные оставались бы преданными и покорными им. Аналогичным образом изменилось и значение принципа уважения к родителям. Вместо главенства уважения к родителям и господину был увеличен акцент на преданность к таким учреждениям, как сёгунат или конкретное владение. Такая перемена ценностей гарантировала сёгунам преданность подданных.