Япония полностью окружена водой. Поэтому по сравнению с другими восточноазиатскими странами Япония находится в географической изоляции — особенность, которая позволяла ей при необходимости принимать китайские, корейские и другие континентальные влияния или изолироваться от них совсем.

Японское море отделяет Японию от Китая (около 750 км от ближайшей точки) и Кореи (около 180 км от ближайшей точки). Внутреннее море Сэто (Сэто-Найкай), являющееся частью Тихого океана, образует морскую границу между Хонсю, Сикоку и Кюсю. В этом море расположено около 1000 островов. Этот регион играл важную роль в торговом и транспортном отношении в течение Средневековья и начала Нового времени. Другие морские границы между четырьмя главными островами проходят по нескольким проливам (кайкё), таким как пролив Каммон (также Симоносэки) между Хонсю и Кюсю, пролив Цугару (между Хонсю и Хоккайдо), пролив Наруто (при входе в залив Осака) и Цусимский пролив (между островами Цусима и Ики в Тихом океане).

Япония представляет собой архипелаг, вытянувшийся в Тихом океане вдоль восточного побережья азиатского материка. Архипелаг состоит из четырех основных островов — Хонсю, Хоккайдо, Кюсю и Сикоку (в порядке убывания по площади) и более чем тысячи других островов, разных по величине. Общая площадь Японии составляет около 377 915 кв. км, из которых 374 744 кв. км составляет суша, а 3091 кв. км — водное пространство. По величине Япония лишь немного уступает штату Калифорния. Общая длина четырех главных островов составляет примерно 1200 миль (с северо-востока на юго-запад), ширина — около 200 миль в самом широком месте. На четыре главных острова приходится приблизительно 95% всей японской суши.

Японские острова расположены на пересечении тектонических плит. Столкновение этих плит порождает многочисленные землетрясения, вулканы, горячие источники и прочие геологические явления, характерные для всей японской истории. В результате тектонической нестабильности горы занимают около 80% японского ландшафта. Исторически гористый характер земной поверхности привел к разделению Японии на регионы, расположенные на равнинах между горными цепями. Особенно важную роль в средневековый и раннесовременный периоды сыграли равнина Канто (место расположения городов Эдо и Камакура) и равнина Кансай, где расположены Киото и Осака.