Несмотря на ограничения, вводившиеся сёгунатом в отношении того, что могли производить земледельцы, и упор на выращивание риса, в деревне производились и другие культуры. На сухих полях выращивали зерно, коноплю и соевые бобы. Там, где это позволял местный климат, возделывались хлопок и индиго. Урбанизация также принесла с собой и новые сельскохозяйственные культуры, не знакомые прежде японцам.

Среди них были растения, привезенные с Запада европейскими торговцами. Такие сельскохозяйственные культуры, как картофель и табак, стали предметами роскоши, приносившими огромный доход. Хотя сёгунат, а следовательно, и управляющие поместьями официально запрещали выращивание подобных культур, сами высшие слои общества стали создателями спроса на эти продукты, поднявшего их продажу на рынке. Некоторые владетели доменов запрещали выращивать такие культуры, но, столкнувшись с материальными потерями, возникавшими в результате ввоза таких товаров из других владений, капитулировали и они. И в конце концов экономическая действительность взяла верх над официальной идеологией.

К концу периода Эдо, несмотря на официальную аскетическую идеологию, Япония располагала развитой рыночной системой сбыта сельскохозяйственной, промышленной и прочей продукции. Развивалась и инфраструктура, необходимая для работы процветающих рынков, включая транспорт для доставки товаров на рынок и в банки. Однако даже в свете этих экономических реалий и попыток сёгуната развить рыночную систему, налоги по-прежнему взимались с земли, а не с доходов торговцев. Это лишало налоговую систему надлежащей эффективности, так как основной доход переместился из сельской местности на городские рынки. И эта проблема среди многих, возникших в период начала Нового времени, привела к падению сёгуната Токугава.

Хотя сёгунат взирал на торговцев свысока и с презрением, они играли главную роль в развитии экономики Японии в период начала Нового времени. Именно провинциальные торговцы убеждали владетелей доменов выращивать финансово выгодные культуры (вопреки господству до рыночной идеологии), а не покупать их в других владениях, теряя прибыль от отсутствия производства. Как и в средневековый период, торговцы Нового времени объединялись в корпоративные организации. Одним из таких объединений стала «Группа 10 оптовиков» (токуми дойя; термин дойя, «оптовый торговец», иногда произносится допъя), находившаяся в городе Эдо.

Эта организация оптовых торговцев первоначально состояла из 10 оптовых торговых домов, каждый из которых торговал различными видами продукции и товара. На пике своего влияния «Группа 10 оптовиков » включала примерно 100 оптовых домов. Целью этого созданного в 1694 г. объединения являлась защита своих коллективных интересов, особенно когда дело касалось споров с другими оптовиками, торговцами и грузоотправителями по поводу товаров, утраченных или поврежденных при перевозке. Оптовая группа Эдо закупала товары у объединения оптовиков Осаки, известного как «Группа 24 оптовиков» (нидзусикуми дойя). Объединение Осаки являлось грузоотправителем для группы Эдо. Вместе эти два оптовых дома почти монопольно руководили транспортной системой грузовых судов (хигаки кайсэн), курсировавших между обоими городами.