Локальная и фрагментарная природа средневековой экономики начала переживать процесс объединения в самом начале Нового времени. Этот процесс стал побочным результатом политического и социального объединения Японии усилиями Ода Нобунага, Тоётоми Хидэёси и Токугава Иэясу в конце XVI в. Хидэёси, например, в своих попытках урегулировать экономические стандарты приказал провести перепись земель по всей Японии, чтобы определить возможный размер получаемого от налогов дохода. Консолидация власти в начале Нового времени сосредоточила экономические интересы на огромных замках самих объединителей. Так, например, замок Осака стал центром оживленного рынка, привлекшего к себе огромное количество ремесленников и торговцев.

Когда сёгунат Токугава установил власть над страной, приняв за основу своей идеологии принципы китайского неоконфуцианства, рыночная экономика, поднявшаяся как на дрожжах во многом благодаря военному конфликту, была урегулирована и перестроена таким образом, чтобы снизить темпы роста.

Неоконфуцианство, делавшее упор на четырехклассовое социальное устройство и поставившее торговцев на самую низкую ступень общества, стало в итоге рычагом, подтолкнувшим до рыночную экономику. Неоконфуцианская точка зрения утверждала, что торговцы паразитируют на тяжелом труде земледельцев и ремесленников, сколачивая свое богатство за счет других людей. Отсюда делался вывод о том, что торговцы не имеют никакого положительного общественного значения.

Сдерживание рыночной экономики также сильно отразилось на земледельцах. Согласно неоконфуцианской философии, земледельцы должны были вести аскетический образ жизни, трудясь на полях, чтобы производить только самое необходимое для себя. Производить больше, чем необходимо для одного человека, нарушая при этом принцип умеренности, считавшийся положительным качеством в неоконфуцианстве, означало стимулировать рыночную систему, позволявшую продавать излишки урожая. Чтобы узаконить официальную идеологию, сёгунат издал предписания, контролировавшие земледельцев и препятствовавшие их свободному доступу к рынкам, где они могли бы продавать свою продукцию. Эти предписания, например, запрещали земледельцам покидать свою землю, требовали уплачивать налоги до того, как они смогут продать свой рис, приказывали носить простую одежду и всегда работать в поте лица, практически заставляя земледельцев существовать на грани выживания.

Неоконфуцианская система ценностей довольно специфическим образом влияла на воинов. Во-первых, они обязаны были жить только на военное жалованье, которое им платили рисом. Если у семьи самурая возникали дополнительные потребности, то ее представители должны были или сами произвести необходимые предметы, или купить их, обычно заплатив за товары рисом. Во-вторых, воины должны были ставить свою честь выше денег и не пользоваться ими совсем. Деньги как таковые считались оскверняющими достоинство самурая.