Торговля, тем не менее, велась не только между феодальными провинциями, но и между городом и деревней. Создавались местные ярмарки, работавшие несколько дней в месяц, где продавали сельскохозяйственную продукцию, изделия ремесленников и предметы ежедневного обихода.

Несельскохозяйственная продукция, продававшаяся на этих рынках, возможно, включала гончарные изделия, кухонную утварь, сельскохозяйственные орудия и предметы домашнего обихода. Хотя в средневековый период монеты иногда использовались на местных рынках в качестве средства обмена, общепринятой там оставалась все-таки бартерная система.

Налогообложение в средневековый период часто являлось очень тяжелой ношей, особенно для земледельцев и крестьян. В период Муромати, например, налоги постоянно увеличивались до такой степени, что приблизительно 70% всего произведенного земледельцами и крестьянами продукта забиралось сёгунами Асикага в качестве налога. В таких суровых финансовых условиях, чтобы окончательно разорить крестьянина, нужно было совсем немного. Неурожай, к примеру, немедленно влек за собой голод. Семьям земледельцев тогда не оставалось ничего другого, кроме как просить милостыню. Непомерные налоги нередко приводили к социальным возмущениям.

На протяжении средневекового периода налоги взимались как с величины надела и урожая, так и с домашнего хозяйства. Один из таких налогов, известный как нэнгу (ежегодная дань), представлял собой ежегодный земельный налог, который в первой половине средневекового периода земледельцы платили рисом (иногда ячменем) собственникам поместий, а после их упадка — феодалам. Этот вид налога взимался и в период начала Нового времени и иногда уплачивался деньгами.

Земледельцы и крестьяне в дополнение к ежегодному земельному налогу также иногда выплачивали специальные земельные налоги, которые собирались верхушкой общества — аристократами, сёгунами, храмами и святилищами, — когда те нуждались в дополнительных средствах на разрешение каких-нибудь особых ситуаций или совершение особенных обрядов или работ. Такие специальные налоги платились рисом (таммай) или деньгами (тансэп), и в XV и XVI вв. часто взыскивались с населения региональными феодалами.

Помимо земельных налогов существовал также налог на домашнее хозяйство (мупабэцусэп), взимавшийся со всех хозяйств на протяжении периода Средневековья. Этот вид налога (как и специальный земельный налог) первоначально был введен аристократами и религиозными учреждениями для финансирования особых придворных или религиозных событий. В период Муромати он стал постоянным налогом, использовавшимся сёгунами для сбора дополнительных денежных средств, поскольку региональные домены освободились от власти сёгунов и уже не платили им налоги во время длительной гражданской войны.