Еще одно внутреннее подразделение внутри крестьянско-земледельческого класса составляли воины-земледельцы. По социальному положению они находились между независимыми земледельцами и крестьянами. Одним из свидетельств превосходства воинов- земледельцев над другими крестьянами было то, что первым разрешалось носить фамилию.

В средневековый период в некоторых случаях земледельцы и крестьяне могли подняться по социальной лестнице. Такую возможность предоставлял общественный хаос, воцарившийся в стране в результате растянувшейся на столетие гражданской войны в период Воюющих Государств. На протяжении этого времени господа иногда использовали земледельцев и крестьян в качестве пехотинцев в своих армиях. Крестьяне, проявившие особенные способности к военному делу, могли стать самураями. Примером здесь может послужить Тоётоми Хидэёси, который прошел путь от простого крестьянина до военного правителя Японии. Однако, когда сёгунат Токугава создал и укрепил жесткую социальную структуру, характерную для общества в период Эдо, возможности для социального продвижения стали намного более ограниченными.

Гэнин. Подчиненные земледельцы (гэнип, «низшие люди») обрабатывали землю для независимых земледельцев или других служащих поместья и не имели прав ни на независимое управление землей, ни на свободу передвижения. Они также могли быть куплены, проданы или переданы по наследству вместе с недвижимостью. Несмотря на очень низкий статус, с подчиненными земледельцами обычно обращались как с членами большой семьи, которая управляла или владела землей. Социальный статус подчиненных земледельцев начал меняться в конце периода Муромати, когда они получили земельные права в качестве земледельцев-арендаторов.

Торговцы находились на последнем месте. Неоконфуцианская система ценностей, лежавшая в основе социальной иерархии, невысоко расценивала их труд, так как общество видело в них людей, лично ничего не производивших, но извлекавших прибыль из чужого труда. Наконец, существовали группы людей, не вмещавшихся в эту систем), таких как аристократы, монахи и отверженные. В японском обществе периода Средневековья и в начале Нового времени существовали слои, считавшиеся отверженными и потому располагавшиеся вне основной социальной структуры, соответствующей неоконфуцианскому представлению об идеальном обществе. В конце периода начала Нового времени к категории отверженных относилось приблизительно 380 000 человек.