Заросли тростника подразделяются на прибрежные, кочкарные и плавневые. Прибрежные заросли составляют примерно 10% общей площади тростниковых зарослей, они образуют бордюр вдоль береговой линии шириной от 5 до 50 м. Местами он прерывается песчаными косами или солончаками. Иногда тростники вклиниваются в мелководные плесы на 150—200 м и растут куртинами площадью до 2 га и более. Высота стеблей тростника 1,5—3 м; на 1 м/кв насчитывается от 38—40 до 140 побегов, а вес зеленой массы от 1,53 до 3,6 кг.

Широко распространены кочкарные, или, как их еще называют, кобловые, заросли тростника. Их особенно много в центральной, глубоководной части озера. Тростник растет здесь изолированными участками, подводные части стеблей переплетены и образуют плотные кочки («коблы»). Промежутки между стеблями заполнены илом и отмершими растениями. Как правило, диаметр кобла у поверхности воды 30— 70 см, но встречаются настоящие островки диаметром 1—2,2 м. Расстояние между отдельными коблами 0,5—2 м. Высота стеблей тростника достигает 4—5 м, вес зеленой массы — 4—6 кг на 1 м/кв.

Плавневые заросли составляют 35%, они встречаются повсеместно и занимают участки между прибрежными и кобловыми зарослями, чаще всего там, где глубина не превышает 15—20 см, но иногда и при глубине до 60 см. Тростник здесь растет очень густо, сплошной стеной, нередко образуя непроходимые заросли. Высота их 3—4 м, на 1 м/кв произрастает 100— 130 побегов, а вес зеленой массы 3—4 кг.

Острова на озере Аггель занимают 20,1 га, или 0,5% площади заповедника. В 1969 г. площадь островов была 155,6 га. С повышением уровня воды в озере часть островов исчезла, а площадь других уменьшилась. Большинство островов — это участки солянковой полупустыни, заросшие гребенщиками Мейера, многоветвистым и смирнским, солянками содоносной, натронной и вересковидной, элленией сизой и разнотравьем. В осенне-зимний период на островах обитают султанки, гуси, утки, серые гуси и гнездятся здесь.

Солончаки объединяют всю незначительную часть береговой суши, которая находится в пределах заповедника. С повышением или падением уровня воды в озере площадь солончаков меняется, а после дождей на их месте возникают временные болота. Солончаки на полуостровах и косах занимают около 20 га, или 0,4% всей площади заповедника. Полуострова покрыты солянковой растительностью, а косы почти лишены растительности. Иногда на солончаках гнездятся крачки, белохвостые пигалицы, степные тиркушки, огари, пеганки и другие.

В озере Аггель обитает более 25 видов рыб: плотва, чехонь, щука, карась, красноперка, жерех, линь, сазан, скопа, орлан-белохвост, омуль, мраморный чирок, краснозобая казарка, колпица, розовый пеликан.

На мелководных плесах озера, где глубина в среднем не превышает 30 см, можно увидеть все виды куликов, гнездящихся или зимующих в Мильской степи. Встречаются здесь также сом, гамбузия, окунь, густера, шиповка, каспийская вобла, куринская уклея, судак, лещ и другие. Раньше, когда озеро имело связь с Курой, его ихтиофауна была богаче.