На территории заповедника встречается около 60 видов древесно-кустарниковых растений. В составе редколесий 3 вида можжевельника — вонючий, многоплодный и красный, фисташка туполистная, дуб грузинский, ольха бородатая, ясень обыкновенный, ива пурпурная, тополь гибридный, клен грузинский, каркас кавказский, гранат обыкновенный, скумпия, облепиха крушиновая, держидерево, эфедра двухколосковая, жимолость каприфоль, жасмин кустарниковый, шиповник колючейший, мушмула германская и др. Два вида дендрофлоры заповедника — можжевельник вонючий и гранат обыкновенный — занесены в Красную книгу.

Аридные редколесья на хребте Боздаг вклиниваются между полупустынной и степной растительностью. Состоят они преимущественно из можжевельника с примесью фисташки. Чистые можжевеловые леса, без фисташки, почти не встречаются. На северных склонах развивается особый вариант редколесья с участием дуба грузинского. Примесь других видов незначительна.

Растительные сообщества на Боздаге Л. И. Прилипко (1950) разделил на 12 типов. Фисташково-арчовое редколесье на фоне полынной полупустыни — этот тип занимает окраины заповедника, встречается также на пологих склонах по долине Турианчая. Можжевельники, фисташка, гранат и держидерево образуют парковые леса. В кустарниковом и травяном ярусах участвуют жестер Палласа, разные виды полыни, дубровника, лука, эгилопса, бородачи кровоостанавливающий (обыкновенный) и кавказский и др. На окраинах заповедника редколесья постепенно переходят в типичную полынную или бородачово-полынную полупустыню.

Фисташково-арчовое редколесье на фоне бородачово-полынной полупустыни. Этот тип также встречается по окраинам заповедника, в основном в южной его части. В травяном покрове преобладает бородач кровоостанавливающий.

Фисташково-арчовое редколесье на фоне бородачовой полупустыни. Вместе с фисташкой и можжевельниками растет эфедра; травяной покров состоит из бородача с примесью ежи сборной, разных видов скабиозы, люцерны и других. Этот тип редколесья развивается на сравнительно крутых склонах, на скелетных почвах.

Фисташково-арчовое редколесье с травяным покровом степного типа занимает плоские вершины холмов с суглинистыми каштановыми почвами. Древесный ярус состоит в основном из можжевельника много плодного с примесью можжевельника красного и фисташки. Высота можжевеловых деревьев 5 м, сомкнутость полога 0,5—0,6. Из кустарников здесь растут вишня мелкоплодная и жасмин кустарниковый. В травяном ярусе разные виды овсяницы, ковыля, липучка незабудковая, ежа сборная и др. Местами почва покрыта мхами и лишайниками. Возобновление можжевельника отсутствует, изредка встречаются самосевы фисташки.