Заповедник находится на хребте Боздаг, южном предгорье Большого Кавказа. Его территория лежит в пределах высот 400—650 м над уровнем моря и простирается на 35 км с запада на восток и на 5 км с севера на юг.

Заповедник находится в зоне полупустынь и аридных лесных массивов, состоящих предпочтительно из фисташки, можжевельников и дуба и имеющих принципиальное водоохранное, почвозащитное и климатологическое значение. В последние 100—150 лет хозяйственная деятельность человека привела к деградации этих лесов, на значительных площадях они были или полностью сведены, или изрежены. Турианчайский заповедник создан в целях охраны природного комплекса аридных редколесий Боздага. Он организован в мае 1958 г. В первые годы кроме основной территории имел три филиала. Общая площадь заповедника составляла 28 988 га, из которых 650 га занимали филиалы. Первый — аридные леса эльдарской сосны (300 га), которые в 1967 г. были переданы Гейгельскому за поведнику. Второй — султанбудская фисташковая роща (100 га), она находится в Карабахской степи Кура-Араксинской низменности, на территории Агдамского района. В 1961 г. ликвидирован. С 1982 г. роща фисташки площадью 730 га охраняется как памятник природы.

Этот участок предусмотрено включить в состав будущего Прикуринского заповедника. Третий филиал — Ширванский участок, организован для охраны полупустынных растительных сообществ в Ширванской степи Кура- Араксинской низменности в пределах Кюрдамирского района, занимал площадь 250 га, ликвидирован в 1961 г. Планируется включить этот участок в состав будущего Базового степного заповедника.

В июне 1961 г. площадь основной части заповедника была сокращена и с тех пор составляет 12 634 га. Лес занимает 7504 га (60,8%). Основная часть безлесной территории (3855га) представляет собой овраги, осыпи, крутые сильно эродированные склоны. Заповедными являются также 83 га водного пространства р. Турианчай. Заповедник находится в Агдамском и частично в Евлахском районах. Центральная усадьба располагается в г. Агдам.