Участки леса с преобладанием тиса в древостое встречаются на площади 4 га в урочище Залагел. Возраст тисовых деревьев достигает 900 лет. Смешанный буковый лес с тисом есть в урочищах Магадурде (площадь около 200 га) и Большой Буланлы (около 90 га). В этих лесах тис образует второй ярус.

Липа бегониелистная растет на северо-восточных и северо-западных склонах ущелий. Нередко встречаются гигантские деревья диаметром до 2 м и высотой более 30—35 м. Вяз голый можно найти в глубоких ущельях; деревья имеют в среднем высоту 30 м и диаметр 70 см. Из хвойных пород в заповеднике распространены тис ягодный, сосна Коха, можжевельники продолговатый, казацкий и прижатый.

Сосняки небольшими участками распространены в западной части заповедника, преимущественно в междуречье Баланлухчая и Белоканчая и по ущелью Баланлухчай. Развиваются они на скалистых гребнях и на крутых северо-западных склонах. Участки можжевеловых редколесий встречаются в пределах 2000—2400 м.

У верхнего предела лесной растительности, на 1800—2200 м, развиты субальпийские, или парковые, леса. Они не образуют сомкнутого полога и состоят из дуба крупнопыльникового, клена Траутфеттера, березы Литвинова, вместе с которыми встречаются также бук восточный, рябина кавказородная, осина, ивы козья и кавказская. Полоса субальпийских кустарников представлена в заповеднике зарослями рододендрона кавказского и очень редко — можжевеловым редколесьем и зарослями черники кавказской.

Рододендрон кавказский встречается в основном на склонах крутизной 25—35°, на высоте 2000—2500 метров. Черника кавказская развивается на крутых северных склонах, здесь ее кустики обычно мелкие, постоянные спутники черники — волчник скученный и водяника черная.

Субальпийские луга распространены на высоте 1900—2600 м и состоят из злаков (белоус торчащий, тимофеевка альпийская, вейник тростниковидный, трясунка средняя, мятлик альпийский, овсяница пестрая, костер пестрый, душистый колосок обыкновенный и др.), бобовых (клевера сомнительный и седоватый) и разнотравья (купальница полуоткрытая, василек Фишера, колючник обыкновенный, гвоздика меловая, зверобой горцелистный, горцы горный и мясо-красный др.).

Типологически субальпийские луга разнообразны: умеренно влажные разнотравные (с буквицей крупноцветковой, геранями грузинской, плосколепестной и безволосой, девясилами крупноцветковым и восточным), сухие остепненные (с овсяницей пестрой), умеренно влажные злаковые (с преобладанием мятлика альпийского и полевицы лазистанской), умеренно влажные разнотравные, мезофитные осоковые, пустотные (с преобладанием белоуса торчащего).

Вторичные луга у верхней границы леса занимают сравнительно обширные площади. Эти высокотравные луга образовались в последние 100—150 лет в результате прямого и косвенного воздействия человека. Им свойственны, с одной стороны, признаки субальпийских лугов, а с другой — черты растительности полян верхней полосы лесного пояса.

В заповеднике вторичные луга встречаются на высоте 1600—2200 м. Они неоднородны типологически: осоково-злаково-разнотравные мезофитные, сухие злаковые с преобладанием костра пестрого, умеренно влажные с преобладанием бобовых, разнотравные влажные и др.

Пояс альпийских лугов простирается от 2200 до 3000 м. Здесь выделяют собственно альпийские луга и так называемые альпийские ковры. Фон лугов создают злаки (белоус торчащий, мятлик альпийский, овсяница овечья), а также ожика ложносудетская, хамамелюм кавказский, клевер сомнительный, подорожник каменистый, осока печальная и др. Альпийские ковры распространены пятнами и имеют сравнительно бедный флористический состав: манжетка кавказская, колокольчики трехзубый, Биберштейна и Стевена, реже — тмин кавказский, осока Медведева, сушеница приземистая, минуарция аизовидная, коллодиум разноцветный, тимофеевка альпийская и др.

Растительность скал и осыпей не образует сплошного покрова как в субнивальном (3000— 3600 м), так и на соответствующих участках в луговом и лесном поясах. Небольшие площади ее (1069 га, 4,5%) состоят из водорослей, лишайников, мхов, входят также и грибы. Единичными экземплярами встречаются цветковые растения; их здесь более 15 видов, в том числе кавказские эндемики: ясколка многоцветковая, камнеломка можжевельниколистная и др.